Idioma / Language: Español | English
Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública | Universidad de Chile
Clasificación Internacional de Enfermedades (CIE-10) oficial de Chile para R.
Paquete especializado para búsqueda, validación y análisis de códigos CIE-10 en el contexto chileno. Incluye el catálogo oficial MINSAL/DEIS v2018 con búsqueda optimizada, cálculo de comorbilidades y acceso a la API CIE-11 de la OMS.
Finalidad
ciecl facilita el trabajo con códigos CIE-10 en investigación y análisis de datos de salud en Chile, eliminando la necesidad de manipular archivos Excel manualmente. Los registros clínicos chilenos suelen contener códigos con inconsistencias de formato (espacios, mayúsculas, puntos faltantes); el paquete automatiza la corrección vectorizada de estas inconsistencias de forma eficiente, valida los códigos contra el catálogo oficial y permite el cálculo de índices de comorbilidad (Charlson, Elixhauser) directamente sobre los diagnósticos. Está dirigido a epidemiólogos, bioestadísticos y científicos de datos que trabajan con registros clínicos chilenos.
Características principales:
- Catálogo oficial CIE-10 Chile (MINSAL/DEIS v2018) embebido como dataset
-
Validación y normalización vectorizada: acepta
E110,E11.0,e 11 0,I10-0, etc. - Búsqueda fuzzy Jaro-Winkler tolerante a errores tipográficos
- Siglas médicas chilenas (IAM, EPOC, DM2, HTA, TBC, …)
-
Cálculo de comorbilidades Charlson/Elixhauser con
comorbidity - Consultas SQL directas sobre el catálogo completo con SQLite + FTS5
-
Expansión jerárquica de categorías (ej:
E11→E11.0,E11.1, …,E11.9) -
API CIE-11 OMS vía
cie11_search()
El dataset está establecido por el Decreto 356/2017 del MINSAL como clasificación oficial de enfermedades. No es modificable por el paquete; solo se actualiza por decreto institucional.
Instalación
# CRAN
install.packages("ciecl")
# GitHub (desarrollo)
# install.packages("pak")
pak::pak("RodoTasso/ciecl")Uso rápido
library(ciecl)
# Busqueda exacta por codigo
cie_lookup("E11.0")
#> # A tibble: 1 × 11
#> codigo descripcion categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 E11.0 Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04 ENFERM… <NA> <NA>
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> # uso_cl <chr>
# Multiples codigos
cie_lookup(c("E11.0", "I10", "Z00"))
#> # A tibble: 3 × 11
#> codigo descripcion categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 E11.0 Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04 ENFERM… <NA> <NA>
#> 2 I10 Hipertensión ese… I10 HIPE… I10-I1… Cap.09 ENFERM… <NA> <NA>
#> 3 Z00 Examen general e… Z00 EXAM… Z00-Z1… Cap.21 FACTOR… <NA> <NA>
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> # uso_cl <chr>
# Descripcion directa (vectorizada) para usar en mutate()
cie_describe(c("E11.0", "I10"))
#> [1] "Diabetes mellitus tipo 2 con coma" "Hipertensión esencial (primaria)"
# Ejemplo en flujo dplyr
# egresos |> dplyr::mutate(desc = cie_describe(codigo))
# Busqueda fuzzy tolerante a errores
cie_search("diabetis mellitus")
#> # A tibble: 50 × 4
#> codigo descripcion score categoria
#> <chr> <chr> <dbl> <chr>
#> 1 E10 Diabetes mellitus insulinodependiente 0.5 E10 DIAB…
#> 2 E10.0 Diabetes mellitus tipo 1 con coma 0.5 E10 DIAB…
#> 3 E10.1 Diabetes mellitus tipo 1 con cetoacidosis 0.5 E10 DIAB…
#> 4 E10.2 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones renales 0.5 E10 DIAB…
#> 5 E10.3 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones oftálmicas 0.5 E10 DIAB…
#> 6 E10.4 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones neurológi… 0.5 E10 DIAB…
#> 7 E10.5 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones circulat… 0.5 E10 DIAB…
#> 8 E10.6 Diabetes mellitus tipo 1 con otras complicaciones esp… 0.5 E10 DIAB…
#> 9 E10.7 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones múltiples 0.5 E10 DIAB…
#> 10 E10.8 Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones no especi… 0.5 E10 DIAB…
#> # ℹ 40 more rows
# Siglas medicas chilenas
cie_search("IAM")
#> ℹ Sigla detectada: "IAM" -> "infarto agudo miocardio"
#> # A tibble: 50 × 4
#> codigo descripcion score categoria
#> <chr> <chr> <dbl> <chr>
#> 1 I21 Infarto agudo del miocardio 1 I21 INFA…
#> 2 I21.0 Infarto transmural agudo del miocardio de la pared an… 1 I21 INFA…
#> 3 I21.1 Infarto transmural agudo del miocardio de la pared in… 1 I21 INFA…
#> 4 I21.2 Infarto agudo transmural del miocardio de otros sitios 1 I21 INFA…
#> 5 I21.3 Infarto transmural agudo del miocardio, de sitio no e… 1 I21 INFA…
#> 6 I21.4 Infarto subendocárdico agudo del miocardio 1 I21 INFA…
#> 7 I21.9 Infarto agudo del miocardio, sin otra especificación 1 I21 INFA…
#> 8 I23 Ciertas complicaciones presentes posteriores al infar… 1 I23 CIER…
#> 9 I23.0 Hemopericardio como complicación presente posterior a… 1 I23 CIER…
#> 10 I23.3 Ruptura de la pared cardíaca sin hemopericardio como … 1 I23 CIER…
#> # ℹ 40 more rows
# Comorbilidades (requiere: install.packages("comorbidity"))
df |> cie_comorbid(id = "paciente", code = "diagnostico", map = "charlson")API CIE-11 (opcional)
Para usar cie11_search() necesitas credenciales gratuitas de la OMS (https://icd.who.int/icdapi). Recomendamos guardarlas con el paquete keyring:
keyring::key_set("ciecl_icd11") # client_id:client_secret
Sys.setenv(ICD_API_KEY = keyring::key_get("ciecl_icd11"))
cie11_search("diabetes mellitus")Las funciones de CIE-10 (núcleo del paquete) funcionan sin API key.
Datos
Catálogo oficial CIE-10 MINSAL/DEIS v2018:
- Fuente: DEIS — Centro FIC Chile
- Dominio público según Decreto 356/2017
Desarrollo
Este paquete fue desarrollado con asistencia de Claude (Anthropic), con verificación y validación humana de todo el código y la documentación.
Contribuir
- Reportar bugs: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues
- Contribuir: ver CONTRIBUTING.md
Autor
Rodolfo Tasso Suazo — rtasso@uchile.cl Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública, Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina, Universidad de Chile.
Agradecimientos
- Diseño del logotipo del paquete: @fje1.
Enlaces
- Repositorio: https://github.com/RodoTasso/ciecl
- DEIS MINSAL: https://deis.minsal.cl
- API CIE-11: https://icd.who.int/icdapi
Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública
Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina
Universidad de Chile