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Changelog

Source: NEWS.md

ciecl 0.9.8 (en desarrollo, 2026-04-25 → 2026-06-20)

English summary below

Documentación — Correcciones revisión rOpenSci, comentarios de yabellini (2026-06-20)

Trabajo preparado originalmente el 2026-05-29, comiteado recien el 2026-06-20: quedo guardado en git stash desde el 2026-06-09 hasta su recuperacion. Sin cambios en la API publica.

  • README: fusion de las secciones “Finalidad” y “Caracteristicas” para eliminar redundancia entre ambas; se agrega mencion explicita de la correccion vectorizada de inconsistencias de formato y del publico objetivo (epidemiologos, bioestadisticos, cientificos de datos).
  • README.en.md: comentarios de los ejemplos de codigo traducidos al ingles (estaban en espanol pese a ser la version en ingles).
  • README: agregado enlace markdown a CONTRIBUTING.md (antes se mencionaba sin enlazar).
  • CONTRIBUTING.md: agregada seccion “Tipos de issue” (ES/EN) que explica las plantillas disponibles (bug/feature/question) y corrige la instruccion de usar la etiqueta question, que el usuario no puede aplicar al crear un issue; ahora remite a la plantilla Consulta. Tambien se sincronizo la politica de idioma y la regla de encoding entre las secciones EN y ES, que estaban desactualizadas entre si.

Sprint F4 — Documentación, limpieza interna y estilo (2026-06-09)

Sin cambios en la API pública.

  • cie10_cl: documentación roxygen completada — columna uso_cl documentada, descripción de dominio para las 11 columnas, tildes corregidas, @family datasets, @seealso [cie_lookup()], [cie_search()], [cie10_sql()] y ejemplos adicionales.
  • Interno: argumentos texto renombrados a text en las funciones internas normalizar_tildes() y expandir_sigla() (no exportadas, sin impacto en API).
  • Estilo: lambdas de una línea migradas a sintaxis \(x) en cie-siglas.R y cie-table.R.

Sprint F2 — Flags include_uso_cl / only_uso_cl (2026-05-20)

Expone la columna uso_cl del dataset CIE-10 MINSAL/DEIS v2018 como filtro y como salida opcional en las dos funciones de busqueda principales.

  • cie_lookup(include_uso_cl = TRUE, only_uso_cl = FALSE):
    • include_uso_cl = TRUE (default) preserva el contrato historico: la columna uso_cl sigue apareciendo en el output.
    • only_uso_cl = TRUE filtra a codigos vigentes en Chile excluyendo uso_cl == "legado".
  • cie_search(include_uso_cl = FALSE, only_uso_cl = FALSE):
    • include_uso_cl = FALSE (default) preserva el contrato historico (no incluye uso_cl en el output). Pasarlo a TRUE agrega la columna.
    • only_uso_cl = TRUE filtra el resultado a codigos vigentes (excluye legado) en cualquier field (descripcion o inclusion).
  • Semantica de uso_cl (textual, no booleano): principal (8.898), legado (27.335), causa_externa (3.295), etiologico (330), causa_externa | principal (19). only_uso_cl = TRUE conserva todo lo que NO es legado (12.542 codigos vigentes).
  • Asimetria documentada: los defaults difieren entre cie_lookup (TRUE) y cie_search (FALSE) para no romper backward compat. El roxygen de ambas funciones lo menciona explicitamente.
  • Tests: tests/testthat/test-uso-cl-flags.R cubre los 4 paths (default, include solo, only solo, ambos) en ambas funciones. +18 tests, sin regresion sobre los 1069 existentes.

Sprint F1 — Cobertura post-Bloque A (2026-05-20)

Recuperación de cobertura sobre los paths agregados en Bloque A y refactor de mocks de API CIE-11 al patrón canónico de httr2. Sin cambios de API pública.

  • Cobertura total: 94,20 % → 97,31 % (R/cie-sql.R: 81,07 → 96,60; R/cie-api.R: 90,76 → 100,00). Suite: 1069 tests (+20), 0 fails.
  • R/cie-sql.R: interactive() → rlang::is_interactive() (2 sitios) para que rlang::local_interactive(TRUE) pueda activar el path cli_progress en tests sin TTY real.
  • R/cie-api.R:
    • who_error_body() extraído del cuerpo de cie11_search() como helper interno @noRd testeable directamente. Misma lógica de extracción (error_description → error → message).
    • El warning del tryCatch externo pasa de {e$message} a {conditionMessage(e)}, propagando al usuario el detalle del body OMS cuando la API responde 4xx (antes se mostraba solo "HTTP 401 ...").
  • tests/testthat/test-api-mock.R migrado al patrón canónico:
    • local_mocked_bindings(req_perform, .package = "httr2") → httr2::local_mocked_responses(mock_who_api(...)). El flow real de httr2 corre hasta handle_resp() → resp_failure_cnd(), lo que permite verificar end-to-end el callback req_error(body = who_error_body).
    • Respuestas fake construidas con httr2::response_json() / httr2::response() en lugar de structure(list(), class = "httr2_response") (resistente a cambios internos de httr2).
    • Nuevo helper mock_who_api() que distingue por URL el endpoint OAuth de token del endpoint de búsqueda OMS.

Modernización r-lib — Bloque A (2026-05-17)

Iteración técnica sobre patrones r-lib identificados en auditoría post-revisión. Sin cambios de API pública.

  • OAuth en cie11_search() simplificado (R/cie-api.R):
    • Migración del flujo OAuth manual (POST al token endpoint, parseo JSON, header Authorization armado a mano) a httr2::oauth_client() + httr2::req_oauth_client_credentials(). httr2 ahora gestiona la obtención, cacheo y refresh del token de acceso de forma transparente.
    • Errores HTTP de la OMS se tipifican vía httr2::resp_check_status() y httr2::req_error(body = ...), exponiendo error_description / error / message del cuerpo de respuesta cuando viene en JSON.
  • Indicadores de progreso en construcción de cache (R/cie-sql.R):
    • build_cache_atomic() muestra ahora cuatro pasos vía cli::cli_progress_step() (cargar dataset, escribir tabla, construir índices, crear FTS5) durante la primera invocación (~16 s). En sesiones no interactivas se mantiene completamente silencioso.
  • Argumentos requeridos uniformados (cie-api.R, cie-search.R, cie-comorbid.R): rlang::check_required() estandariza el mensaje cuando faltan args obligatorios (text, data, id, code, codes).
  • Tests reproducibles: testthat::local_reproducible_output() en cada test_that() que usa expect_snapshot, aislando ancho de terminal, color y locale para evitar falsos positivos cross-platform.

Sprint cobertura y tooling rOpenSci (2026-05-08 / 2026-05-09)

  • Cobertura de tests subida de 86,45 % a 96,61 % mediante:
  • Workflows rOpenSci/CRAN agregados:
    • .github/workflows/pkgcheck.yaml (ropensci-review-tools/pkgcheck-action) con post-to-issue: false para evitar 403 en creación de issue.
    • .github/workflows/urlchecker.yaml con scheduled run mensual.
    • .github/workflows/codemeta.yaml regenera codemeta.json cuando cambia DESCRIPTION.
  • Badge de cobertura dinámico: README y README.en consultan endpoint JSON del workflow test-coverage.yaml en lugar de un porcentaje hardcoded.
  • Bug fix cie_search(): sigla IRA desambiguada (ver detalle más abajo). Aliases IRA_RESP e IRA_RENAL agregados.
  • Limpieza técnica menor:
    • @importFrom duplicado eliminado en cie-search.R.
    • sapply() reemplazado por vapply(..., logical(1)) en cie_table().
    • Fix de asociación roxygen rota en cie_guia_busqueda() (línea en blanco entre bloque roxygen y firma).
    • Badge rOpenSci Software Peer Review (#765) agregado a los README.

Respuesta a Revisión rOpenSci (rev-ropensci)

Versión de cumplimiento editorial y técnico tras la revisión de Maëlle Salmon. Esta versión unifica la interfaz del paquete bajo estándares internacionales de R, manteniendo la documentación pedagógica en español para el contexto local.

Correcciones funcionales

  • Sigla IRA desambiguada (cie_search()): la sigla IRA es ambigua en contexto clínico chileno (puede ser infección respiratoria aguda o insuficiencia renal aguda). Ahora cie_search("IRA") mantiene el default respiratorio (uso más frecuente en pediatría y atención primaria) pero emite una advertencia explícita orientando al usuario hacia los nuevos alias inequívocos IRA_RESP (respiratoria) e IRA_RENAL (renal). Cierra bug detectado durante auditoría de seguridad post-split.

Infraestructura de calidad de código

  • Workflow de lintr agregado en .github/workflows/lint.yaml (template oficial r-lib). Reporta lints sin bloquear el CI.
  • .lintr modernizado a sintaxis lintr 3.x (linters_with_defaults), removiendo el deprecado with_defaults y el linter inexistente cyclocomp_linter.
  • Cleanup de espacios en blanco al final de línea en 18 archivos (R/, tests/, vignettes/, NEWS, README, data-raw, tools).

Remediación r-lib y Calidad Técnica

  • Migración total a cli: Todos los errores, advertencias y mensajes informativos usan ahora cli::cli_abort(), cli_warn() y cli_inform() con clases de error personalizadas (ciecl_invalid_input, ciecl_api_error, etc.) para captura programática.
  • Modernización de Roxygen:
    • Migración masiva de @return a @returns.
    • Uso de sintaxis markdown para enlaces internos y externos ([fun()]).
    • Normalización de etiquetas @family a snake_case sin tildes.
  • Refactor de Estructura: El archivo cie-search.R se ha dividido en 4 módulos (cie-search.R, cie-siglas.R, cie-lookup.R, cie-guide.R) para mejorar la mantenibilidad.
  • Pipe Nativo: Migración de %>% al pipe nativo de R |> en todo el paquete (código, vignettes y tests).
  • Aislamiento de Tests: Implementación de withr para garantizar que las pruebas no contaminen el cache del usuario, utilizando directorios temporales aislados.
  • Snapshots de Mensajes: Uso de testthat::expect_snapshot() para asegurar la consistencia de los mensajes en español generados por el paquete.
  • Limpieza de Suggests: Removidos usethis y litedown de Suggests: por no ser referenciados en código, tests ni vignettes del paquete.

Cambios que rompen compatibilidad (Deprecaciones)

  • Internacionalización de la API: Todos los argumentos de las funciones públicas han sido migrados al inglés para consistencia con el ecosistema tidyverse (dplyr, httr2). Los argumentos antiguos en español emiten lifecycle::deprecate_warn() y serán eliminados en la versión 1.0.0.

Cambios internos

  • El script generador del dataset (generar_cie10_cl(), parsear_cie10_minsal()) se movió a data-raw/ siguiendo la convención de R packages. No afecta el uso del paquete: data(cie10_cl) sigue funcionando igual.

  • Tests del generador trasladados a sanity-check ejecutable desde data-raw/.

  • Eliminación masiva de ciecl::: en tests para favorecer devtools::load_all().

  • Motor de Normalización Único: Se establece cie_norm() como la función canónica. cie_normalize() y cie_normalizar() están ahora deprecadas.

Nuevas funcionalidades

  • cie_describe(): Nueva función vectorizada para obtener descripciones CIE-10 directamente, facilitando su uso dentro de dplyr::mutate() sin necesidad de cruces manuales.

Auditoría Técnica (Compliance)

  • API Resiliente (CIE-11): Refactorización de cie11_search() usando httr2 con mejores prácticas de consumo web:
    • Identificación clara mediante User-Agent.
    • Política de reintentos (req_retry) para fallas temporales.
    • Control de tasa (req_throttle) para respetar servidores de la OMS.
    • httr2 promovido de Suggests a Imports.
  • Robustez de Tests: Limpieza masiva de la suite de pruebas. Se eliminaron warnings de deprecación internos y se migró a withr para la gestión de variables de entorno.

Documentación y Homologación

  • Guías en Espejo: Creación de versiones en inglés de todas las guías de usuario (Case Study, Installation Guide) para consistencia en el sitio pkgdown.
  • README paramétrico: Unificación de README.Rmd para generar versiones sincronizadas en español e inglés. El README principal es ahora en español.
  • Narrativa Profesional: Redacción mejorada en todas las vignettes, eliminando tonos informales por un lenguaje técnico de ingeniería de datos.

English Summary

rOpenSci Review Response

Comprehensive update focused on API consistency and technical compliance following rOpenSci peer review.

  • Breaking Changes (Deprecations): Full API migration to English arguments (e.g., code, expand, normalize, text) using the lifecycle package. Old Spanish arguments remain functional but emit warnings.
  • Streamlined Normalization: cie_norm() is now the single canonical normalization motor.
  • New Function: Added cie_describe() for direct, vectorized description lookup within mutate() calls.
  • Technical Compliance:
    • cie11_search() now uses httr2 with User-Agent, retry, and throttle policies.
    • httr2 promoted to Imports.
    • Test suite cleaned of deprecation noise and updated to use withr.
  • Documentation: Mirror versions of user guides provided in both English and Spanish. pkgdown site navigation localized to Spanish.

ciecl 0.9.6 (2026-04-04)

CRAN release: 2026-04-19

English summary below

Preparacion rOpenSci

Version candidata para submission a rOpenSci. Cumple con rOpenSci Dev Guide 2025 (Capitulos 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% cobertura.

Nuevas funcionalidades

  • Connection pooling SQLite: Cache atomico con versionado en get_cie10_db(). Reutiliza conexiones activas, reconstruye si la BD esta corrupta o desactualizada.

  • Vectorizacion mejorada: cie_map_comorbid() y cie_normalizar() refactorizados para procesamiento batch eficiente.

  • pkgdown site: Tema limpio compatible con rOpenSci, modo oscuro (light-switch), logo hexagonal, favicons.

  • Vignette caso de uso: caso-uso-egresos con datos simulados de egresos hospitalarios usando columnas esenciales DEIS.

Documentacion y comunidad

  • CONTRIBUTING.md y CODE_OF_CONDUCT.md bilingues (ingles + espanol)
  • SECURITY.md bilingue
  • PR template para rOpenSci
  • @family y @seealso en todas las funciones exportadas
  • Documentacion English-first con traducciones completas

CI/CD

  • GitHub Actions R-CMD-check multiplataforma (Windows, macOS, Ubuntu)
  • Workflow de test coverage
  • pkgdown deployment automatico desde main
  • R-hub workflow

Seguridad

  • FTS5 parametros sanitizados contra inyeccion SQL
  • Stripeo de comentarios SQL
  • Validacion estricta de inputs en funciones publicas

Fixes

  • Estandarizar pipes a %>% (magrittr) en todo el paquete
  • Corregir sintaxis invalida en .gitignore
  • Sincronizar codemeta.json con DESCRIPTION
  • _pkgdown.yml lang alineado con contenido (es)
  • Eliminar inst/extdata/cie10.db bundled (causaba NOTE de 21.3MB)
  • Compatibilidad multiplataforma: rutas absolutas, encoding, line endings
  • Logo hexagonal actualizado a version G16

Heredado de v0.9.3

  • Breaking: generar_cie10_cl() ya no exportada (marcada @noRd)
  • comorbidity y gt movidos de Imports a Suggests
  • Mensajes de BD solo en sesiones interactivas (if (interactive()))
  • generar_cie10_cl(): prioriza XLSX completo (39K+) sobre XLS legado
  • cie_guia_busqueda(): corregida referencia a funcion inexistente

English Summary

rOpenSci Preparation

Release candidate for rOpenSci submission. Complies with rOpenSci Dev Guide 2025 (Chapters 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% coverage.

  • SQLite connection pooling with atomic versioned cache
  • Vectorized cie_map_comorbid() and cie_normalizar()
  • pkgdown site with dark mode, hex logo, favicons
  • Hospital discharge vignette with simulated DEIS data
  • Bilingual community files (CONTRIBUTING, CODE_OF_CONDUCT, SECURITY)
  • Multi-platform CI/CD (Windows, macOS, Ubuntu)
  • FTS5 SQL injection protection
  • Pipe standardization (%>%), gitignore fixes, codemeta sync