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Changelog

Source: NEWS.md

ciecl 0.9.6 (2026-04-04)

English summary below

Preparacion rOpenSci

Version candidata para submission a rOpenSci. Cumple con rOpenSci Dev Guide 2025 (Capitulos 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% cobertura.

Nuevas funcionalidades

  • Connection pooling SQLite: Cache atomico con versionado en get_cie10_db(). Reutiliza conexiones activas, reconstruye si la BD esta corrupta o desactualizada.

  • Vectorizacion mejorada: cie_map_comorbid() y cie_normalizar() refactorizados para procesamiento batch eficiente.

  • pkgdown site: Tema limpio compatible con rOpenSci, modo oscuro (light-switch), logo hexagonal, favicons.

  • Vignette caso de uso: caso-uso-egresos con datos simulados de egresos hospitalarios usando columnas esenciales DEIS.

Documentacion y comunidad

  • CONTRIBUTING.md y CODE_OF_CONDUCT.md bilingues (ingles + espanol)
  • SECURITY.md bilingue
  • PR template para rOpenSci
  • @family y @seealso en todas las funciones exportadas
  • Documentacion English-first con traducciones completas

CI/CD

  • GitHub Actions R-CMD-check multiplataforma (Windows, macOS, Ubuntu)
  • Workflow de test coverage
  • pkgdown deployment automatico desde main
  • R-hub workflow

Seguridad

  • FTS5 parametros sanitizados contra inyeccion SQL
  • Stripeo de comentarios SQL
  • Validacion estricta de inputs en funciones publicas

Fixes

  • Estandarizar pipes a %>% (magrittr) en todo el paquete
  • Corregir sintaxis invalida en .gitignore
  • Sincronizar codemeta.json con DESCRIPTION
  • _pkgdown.yml lang alineado con contenido (es)
  • Eliminar inst/extdata/cie10.db bundled (causaba NOTE de 21.3MB)
  • Compatibilidad multiplataforma: rutas absolutas, encoding, line endings
  • Logo hexagonal actualizado a version G16

Heredado de v0.9.3

  • Breaking: generar_cie10_cl() ya no exportada (marcada @noRd)
  • comorbidity y gt movidos de Imports a Suggests
  • Mensajes de BD solo en sesiones interactivas (if (interactive()))
  • generar_cie10_cl(): prioriza XLSX completo (39K+) sobre XLS legado
  • cie_guia_busqueda(): corregida referencia a funcion inexistente

English Summary

rOpenSci Preparation

Release candidate for rOpenSci submission. Complies with rOpenSci Dev Guide 2025 (Chapters 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% coverage.

  • SQLite connection pooling with atomic versioned cache
  • Vectorized cie_map_comorbid() and cie_normalizar()
  • pkgdown site with dark mode, hex logo, favicons
  • Hospital discharge vignette with simulated DEIS data
  • Bilingual community files (CONTRIBUTING, CODE_OF_CONDUCT, SECURITY)
  • Multi-platform CI/CD (Windows, macOS, Ubuntu)
  • FTS5 SQL injection protection
  • Pipe standardization (%>%), gitignore fixes, codemeta sync

ciecl 0.9.2 (2026-01-20)

CRAN release: 2026-01-27

CRAN Resubmission - Example Timing

  • Ejemplos de cie_search() envueltos en \donttest{} para reducir tiempo de check
  • Tiempo de ejemplos reducido de ~12s a ~2s

ciecl 0.9.1 (2026-01-19)

English summary below

CRAN Resubmission Fixes

Correccion de errores reportados por CRAN en revision de v0.9.0.

Bug Fixes

  • FTS5 tabla faltante: Agregar verificacion independiente de cie10_fts
    • Si la BD tiene cie10 pero no cie10_fts (cache corrupto), ahora se recrea
    • Soluciona error “no such table: cie10_fts” en examples/tests
    • Afecta get_cie10_db() en R/cie-sql.R
  • Link invalido README: Cambiar link relativo DEPENDENCIAS.md a URL absoluta
    • CRAN no incluye archivos de raiz en paquete instalado
    • Ahora apunta a GitHub: https://github.com/Rodotasso/ciecl/blob/main/DEPENDENCIAS.md
  • Script audit removido de tests/: Mover audit_elite_cran.R a tools/
    • Contenia rutas hardcodeadas locales
    • CRAN no ejecuta scripts en tools/

Tests y Validacion

  • 0 errores, 0 warnings en R CMD check (Windows, macOS, Linux)
  • Examples de cie_lookup() y cie_search() ejecutan sin error

English Summary

CRAN Resubmission Fixes

  • Missing FTS5 table: Independent verification of cie10_fts table
  • Invalid README link: Changed relative link to absolute GitHub URL
  • Audit script moved: audit_elite_cran.R moved from tests/ to tools/

ciecl 0.9.0 (2026-01-18)

English summary below

Optimizacion de Rendimiento - FTS5

Version candidata a release con mejoras significativas de rendimiento.

Nuevas Funcionalidades

  • FTS5 Full-Text Search: Busquedas de texto ~100x mas rapidas
    • Tabla virtual SQLite FTS5 para pre-filtrado en SQL
    • cie_search() ahora filtra en SQLite antes de traer datos a R
    • Reduccion de tiempo de busqueda de ~30s a <1s
  • Vectorizacion de cie_lookup(): Query batch con IN clause
    • Una sola conexion para multiples codigos (antes N conexiones)
    • Mejora significativa para procesamiento de datasets grandes

Seguridad

  • Sanitizacion SQL injection en FTS5: Solo caracteres alfanumericos permitidos
  • Proteccion contra inyeccion de comandos FTS5 maliciosos

Limpieza de Proyecto

  • Fixtures de prueba movidos fuera del paquete (reduccion ~2.5 MB)
  • Eliminado helper-fixtures.R no utilizado

Tests y Validacion

  • 1088 tests pasando
  • 0 errores, 0 warnings en R CMD check
  • Cobertura de tests mantenida

English Summary

Performance Optimization - FTS5

Release candidate with significant performance improvements.

  • FTS5 Full-Text Search: ~100x faster text searches
  • Vectorized cie_lookup(): Batch queries with IN clause
  • SQL injection protection: Sanitized FTS5 inputs
  • Project cleanup: Test fixtures moved outside package

Tests: 1088 passing | R CMD check: 0 errors, 0 warnings

ciecl 0.8.0 (2026-01-17)

English summary below

Suite de Tests Exhaustiva - Cobertura CRAN

Aumento masivo de cobertura de tests para cumplir estandares CRAN:

  • 850 tests (antes 305)
  • 96.41% cobertura (meta CRAN >80%)
  • 0 errores, 0 warnings, 0 notes en R CMD check

Nuevos Archivos de Tests

  • test-cie-data.R: Tests para funciones de generacion de datos
    • parsear_cie10_minsal(): Parsing de XLS MINSAL
    • generar_cie10_cl(): Generacion de dataset
    • Validacion de dataset cie10_cl cargado
    • Verificacion de estructura, unicidad y formatos
  • test-data-integrity.R: Validacion de integridad del dataset cie10_cl
    • Estructura de columnas correcta
    • 39,877 codigos unicos
    • Sin NAs ni valores vacios en campos criticos
    • Formato CIE-10 valido (>95% de codigos)
    • Codigos especificos conocidos (diabetes, hipertension, neoplasias, IAM)
  • test-utils-internal.R: Tests de funciones internas
    • normalizar_tildes(): Remocion de tildes y caracteres especiales
    • get_siglas_medicas(): Diccionario de 88 siglas medicas
    • expandir_sigla(): Expansion de siglas a terminos de busqueda
    • extract_cie_from_text(): Extraccion de codigos de texto con ruido
    • cie10_empty_tibble(): Tibble vacio con estructura correcta
    • sigla_to_codigo(): Conversion de siglas a codigos CIE-10
    • cie_lookup_single(): Busqueda interna de codigo unico
  • test-comorbid-validation.R: Validacion exhaustiva de comorbilidades
    • Calculo Charlson con datos sinteticos
    • Calculo Elixhauser con categorias validadas
    • Manejo de NA y codigos vacios
    • Categorizacion correcta por patologia
  • test-api-mock.R: Tests de API sin conexion real
    • Validacion de parametros
    • Manejo de errores
    • Formato de API key
    • Estructura de respuesta

Tests Expandidos

  • test-robustness.R: +40 nuevos tests
    • get_cie10_db(): Conexion DBI, creacion de indices
    • cie10_clear_cache(): Eliminacion idempotente
    • cie10_sql(): Bloqueo de keywords peligrosos (DROP, DELETE, UPDATE, etc.)
    • Proteccion contra SQL injection
  • test-cie-search.R: +15 nuevos tests
    • Edge cases de threshold (0.0, 1.0)
    • Modo solo_fuzzy=TRUE
    • Busqueda en campo inclusion
    • Validacion de parametros incorrectos
    • Normalizacion de tildes
    • cie_guia_busqueda()
  • test-cie-table.R: +8 nuevos tests
    • Parametro interactive
    • Expansion jerarquica
    • Columnas esperadas
    • Manejo de codigos invalidos
  • test-cie-utils.R: +36 nuevos tests
  • test-cie-api.R: +12 nuevos tests
    • Tests con API real (skip_on_cran, requiere ICD_API_KEY)
    • Parsing de resultados JSON
    • Manejo de busquedas sin resultados
    • Limpieza de tags HTML
    • Soporte idiomas es/en
  • test-cie-sql.R: +15 nuevos tests
    • Queries con WHERE, LIKE, GROUP BY, ORDER BY
    • Bloqueo de ALTER, CREATE, TRUNCATE, ATTACH, PRAGMA
    • Queries con saltos de linea

Mejoras de Estabilidad

  • API estable sin breaking changes
  • Manejo robusto de errores en todas las funciones
  • Conexiones DB con on.exit() garantizado
  • Validacion de inputs en funciones publicas

English Summary

First Stable Release

First stable version of ciecl, the R package for working with Chile’s official ICD-10 classification (MINSAL/DEIS v2018).

Comprehensive Test Suite - CRAN Ready

  • 850 tests (up from 305)
  • 96.41% coverage (CRAN target >80%)
  • 0 errors, 0 warnings, 0 notes in R CMD check

New test files for: - Data generation functions (parsear_cie10_minsal, generar_cie10_cl) - Dataset integrity validation - Internal functions - Comorbidity validation - API mocking and real API tests - Expanded robustness tests - SQL security tests - Edge cases coverage

Coverage by file: - cie-search.R: 99.38% - cie-sql.R: 97.37% - cie-comorbid.R: 96.77% - cie-utils.R: 94.55% - cie-table.R: 92.00%

ciecl 0.1.0 (2026-01-17)

English summary below

Tests de Comorbilidad

Validacion exhaustiva de funciones cie_comorbid() y cie_map_comorbid() con bases sinteticas:

Bases de Prueba Generadas

  • 15_comorbid_charlson.csv: 500 pacientes, 2007 diagnosticos
    • Codigos de 17 categorias Charlson (MI, CHF, PVD, CEVD, demencia, EPOC, etc.)
    • Scores validados: rango 1-15 puntos
  • 16_comorbid_elixhauser.csv: 500 pacientes, 3219 diagnosticos
    • Codigos de 31 categorias Elixhauser
    • Categorias por paciente: 1-8
  • 17_comorbid_mixto.csv: 200 pacientes, edge cases
    • 50 pacientes con NA en diagnosticos (ignorados correctamente)
    • 50 pacientes con codigos invalidos mezclados
    • 50 pacientes con un solo codigo
    • Validacion de robustez ante datos sucios

Resultados de Validacion

  • cie_comorbid(map="charlson"): Calculo correcto de score_charlson
  • cie_comorbid(map="elixhauser"): Calculo correcto de categorias booleanas
  • Manejo robusto de NA y codigos vacios (warnings informativos)
  • Codigos invalidos no afectan calculo de pacientes validos

Codigos CIE-10 Testeados por Categoria

  • Infarto miocardio: I21.0-I22.9, I25.2
  • Insuficiencia cardiaca: I50.0-I50.9, I11.0, I13.0
  • Diabetes: E10.0-E14.9 (sin/con complicaciones)
  • Enfermedad renal: N18.1-N18.9, N19
  • EPOC: J40-J44.9
  • Cancer: C18.x, C34.x, C50.x, C61, C67.x, C71.x, C73
  • VIH/SIDA: B20-B24

Bug Fixes

  • cie_lookup_single(): Corregir emisión de warning para rangos invertidos

Mejoras

  • cie_lookup(): Documentación mejorada del parámetro extract:
    • Advertencia clara de usar extract=TRUE solo con códigos escalares
    • Ejemplos de uso correcto con prefijos/sufijos
    • Evita confusiones con vectores múltiples
  • extract_cie_from_text(): Función interna para extraer código CIE-10 de texto con ruido
    • Soporta prefijos: “CIE:E11.0” -> “E11.0”
    • Soporta sufijos: “E11.0-confirmado” -> “E11.0”
    • Soporta ambos: “CIE:E11.0-prov” -> “E11.0”

Tests

English Summary

Comorbidity Tests

Exhaustive validation of cie_comorbid() and cie_map_comorbid() with synthetic datasets: * 500-patient Charlson test base with 2007 diagnoses * 500-patient Elixhauser test base with 3219 diagnoses * 200-patient mixed test base with edge cases (NA values, invalid codes)

Bug Fixes

  • cie_lookup_single(): Fix warning emission for inverted ranges

Improvements

  • cie_lookup(): Improved documentation for extract parameter
  • extract_cie_from_text(): Internal function to extract ICD-10 codes from noisy text

ciecl 0.1.0.9000 (desarrollo - historico)

Nuevas funcionalidades

  • cie_search(): Soporte para 88 siglas medicas comunes en Chile:
    • Cardiovasculares: IAM, HTA, ACV, FA, ICC, TEP, TVP
    • Respiratorias: TBC, EPOC, NAC, SDRA
    • Metabolicas: DM, DM1, DM2, ERC, IRC
    • Infecciosas: VIH, ITU, ITS
    • Oncologicas: CA, LMA, LMC, LLA, LLC
    • Neurologicas: TEC, EPI, EM, ELA
    • Y muchas mas (ver cie_siglas())
  • cie_search(): Tolerancia a tildes mejorada:
    • “neumonia” ahora encuentra “neumonía”
    • “rinon” encuentra “riñón”
    • “corazon” encuentra “corazón”
  • cie_search(): Busqueda por subcadena como estrategia principal:
    • Mas rapido y preciso para terminos exactos
    • Fuzzy search como fallback para typos
  • cie_siglas(): Nueva funcion para listar todas las siglas medicas soportadas

Datos

  • Dataset cie10_cl: Agregados 4 codigos COVID-19 de actualizaciones OMS 2021:
    • U08.9: Historia personal de COVID-19
    • U09.9: Condicion post COVID-19 (COVID prolongado)
    • U10.9: Sindrome inflamatorio multisistemico (PIMS)
    • U12.9: Efecto adverso de vacunas COVID-19 (ESAVI)
    • Total codigos: 39,877 (antes 39,873)

Mejoras

  • cie_normalizar(): Manejo robusto de caracteres especiales comunes en datos clinicos:

    • Espacios internos (E 11 0 -> E11.0)
    • Guiones en lugar de puntos (I10-0 -> I10.0)
    • Puntos multiples consecutivos (E..11 -> E.11)
    • Puntos iniciales (.I10 -> I10)
    • Simbolos daga y asterisco de codificacion dual (A17.0† -> A17.0, G01* -> G01)

  • cie_normalizar(): Ahora elimina automaticamente el sufijo “X” de codigos CIE-10 (ej. I10X -> I10, J00X -> J00). Esto permite trabajar con codigos que usan “X” para indicar ausencia de subcategoria adicional.

  • cie_normalizar(): Preserva X en codigos largos (>5 chars) donde es placeholder obligatorio del 7o caracter de extension en trauma/lesiones (ej. S72X01A). Esto asegura compatibilidad con codificacion ICD-10-CM.

ciecl 0.1.0 (BETA)

NOTA: Esta es una version beta en desarrollo activo. La API puede cambiar antes de la version estable 1.0.0.

Funcionalidades principales

  • Sistema de busqueda SQL optimizado con SQLite persistente
  • Busqueda fuzzy con algoritmo Jaro-Winkler para matching de terminos medicos
  • Calculo de comorbilidades Charlson y Elixhauser adaptadas a codigos chilenos
  • Integracion con API CIE-11 de la OMS
  • Validacion y expansion de codigos jerarquicos CIE-10
  • Tablas interactivas con paquete gt (opcional)
  • Dataset completo CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Funciones exportadas

Busqueda y consulta

Utilidades

Comorbilidades (requiere paquete comorbidity)

Visualizacion (requiere paquete gt)

Generacion de datos

  • generar_cie10_cl() - Generar dataset desde XLS/XLSX MINSAL (requiere readxl)

Dataset incluido

  • cie10_cl - 39,873 codigos CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018
    • Incluye categorias (3 digitos) y subcategorias (4+ digitos)
    • Columnas: codigo, descripcion, categoria, inclusion, exclusion, capitulo, es_daga, es_cruz

Estado del desarrollo

  • Dataset generado y validado: 39,873 registros
  • Tests unitarios: 8 archivos de tests
  • R CMD check: 0 errores, 0 warnings
  • Documentacion completa con roxygen2
  • Vignette funcional incluida

Notas para usuarios beta

Esta version esta siendo probada activamente. Por favor reporta cualquier problema en: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues

Primera release

Primera version beta del paquete ciecl para trabajar con Clasificacion Internacional de Enfermedades CIE-10 de Chile en R.

Fuente de datos: Centro FIC Chile DEIS