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Guia de Instalacion y Configuracion

Rodolfo Tasso Suazo

2026-04-19

Source: vignettes/instalacion.Rmd
instalacion.Rmd

Instalacion Basica

Desde CRAN (cuando este disponible)

Desde GitHub (version desarrollo) 

# Opcion 1: pak (recomendado)
install.packages("pak")
pak::pak("RodoTasso/ciecl")

# Opcion 2: devtools
install.packages("devtools")
devtools::install_github("RodoTasso/ciecl")

# Opcion 3: remotes
install.packages("remotes")
remotes::install_github("RodoTasso/ciecl")

Instalacion con Dependencias Opcionales

El paquete tiene dependencias minimas para funcionalidad core. Para habilitar todas las funcionalidades:

# Instalacion completa con todos los paquetes opcionales
pak::pak("RodoTasso/ciecl", dependencies = TRUE)

Dependencias por Funcionalidad

Funcionalidad Paquete Requerido Instalacion
Comorbilidades Charlson/Elixhauser comorbidity install.packages("comorbidity")
Tablas interactivas GT gt install.packages("gt")
API CIE-11 OMS httr2 install.packages("httr2")
Leer archivos Excel MINSAL readxl install.packages("readxl")

Requisitos del Sistema

Windows

No requiere dependencias adicionales. La instalacion funciona directamente.

macOS

Instalar Xcode Command Line Tools:

xcode-select --install

Linux (Ubuntu/Debian) 

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y \
  r-base-dev \
  libcurl4-openssl-dev \
  libssl-dev \
  libxml2-dev

Linux (Fedora/RHEL/CentOS) 

sudo dnf install -y \
  R-devel \
  libcurl-devel \
  openssl-devel \
  libxml2-devel

Configuracion de API CIE-11 (Opcional)

Para usar cie11_search() y acceder a la clasificacion internacional CIE-11 de la OMS, necesitas credenciales gratuitas.

Paso 1: Obtener Credenciales

  1. Visita https://icd.who.int/icdapi
  2. Registrate con tu email (proceso gratuito)
  3. Obtendras un Client ID y Client Secret

Paso 2: Configurar Variables de Entorno

Opcion A: Archivo .Renviron (recomendado para uso permanente)

Crea o edita el archivo ~/.Renviron:

# Abrir archivo .Renviron para editar
usethis::edit_r_environ()

Agrega la linea:

ICD_API_KEY=tu_client_id:tu_client_secret

Reinicia R para que tome efecto.

Opcion B: En cada sesion (temporal)

Sys.setenv(ICD_API_KEY = "tu_client_id:tu_client_secret")

Paso 3: Verificar Configuracion 

# Verificar que la API key esta configurada
Sys.getenv("ICD_API_KEY")

# Probar busqueda CIE-11
library(ciecl)
cie11_search("diabetes")

Cache SQLite

El paquete usa SQLite para almacenar y buscar codigos CIE-10 de forma eficiente. La base de datos se crea automaticamente en:

# Ver ubicacion del cache
tools::R_user_dir("ciecl", "data")

Limpiar Cache

Si necesitas forzar una reconstruccion de la base de datos:

Verificar Instalacion 

library(ciecl)

# Verificar que el paquete carga correctamente
packageVersion("ciecl")

# Verificar acceso al dataset
nrow(cie10_cl)  # Debe retornar 39873

# Probar busqueda basica
cie_lookup("E11.0")

# Probar busqueda fuzzy
cie_search("diabetes")

Problemas Comunes

Error: “package ‘ciecl’ is not available”

Asegurate de instalar desde GitHub, no desde CRAN (aun no esta disponible):

pak::pak("RodoTasso/ciecl")

Error de compilacion en Linux

Instala las dependencias del sistema mencionadas arriba.

API CIE-11 no funciona

  1. Verifica que httr2 esta instalado: install.packages("httr2")
  2. Verifica que la API key esta configurada: Sys.getenv("ICD_API_KEY")
  3. Verifica conexion a internet

Cache corrupto

Limpia el cache y reinicia R:

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