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ciecl

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública | Universidad de Chile

Clasificación Internacional de Enfermedades (CIE-10) oficial de Chile para R.

Paquete especializado para búsqueda, validación y análisis de códigos CIE-10 en el contexto chileno. Incluye el catálogo oficial MINSAL/DEIS v2018 con búsqueda optimizada, cálculo de comorbilidades y acceso a la API CIE-11 de la OMS.

Finalidad

ciecl facilita el trabajo con códigos CIE-10 en investigación y análisis de datos de salud en Chile, eliminando la necesidad de manipular archivos Excel manualmente y proporcionando herramientas especializadas para:

  • Validación rápida de códigos diagnósticos
  • Búsqueda tolerante a errores tipográficos (fuzzy search Jaro-Winkler)
  • Cálculo automático de índices de comorbilidad (Charlson, Elixhauser)
  • Consultas SQL optimizadas sobre el catálogo completo
  • Expansión jerárquica de categorías (ej: E11 → E11.0, E11.1, …, E11.9)
  • Acceso a la API CIE-11 de la OMS

Características

  • Catálogo oficial CIE-10 Chile (MINSAL/DEIS v2018) embebido como dataset
  • Búsqueda fuzzy Jaro-Winkler tolera errores tipográficos
  • Siglas médicas chilenas (IAM, EPOC, DM2, HTA, TBC, …)
  • Consultas SQL directas con SQLite + FTS5
  • Comorbilidades Charlson/Elixhauser con comorbidity
  • API CIE-11 OMS vía cie11_search()
  • Normalización robusta: acepta E110, E11.0, e 11 0, I10-0, etc.
  • Dependencias mínimas (8 paquetes core; el resto en Suggests)

El dataset está establecido por el Decreto 356/2017 del MINSAL como clasificación oficial de enfermedades. No es modificable por el paquete; solo se actualiza por decreto institucional.

Instalación 

# CRAN
install.packages("ciecl")

# GitHub (desarrollo)
# install.packages("pak")
pak::pak("RodoTasso/ciecl")

Uso rápido 

library(ciecl)

# Busqueda exacta por codigo
cie_lookup("E11.0")
#> # A tibble: 1 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Multiples codigos
cie_lookup(c("E11.0", "I10", "Z00"))
#> # A tibble: 3 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 2 I10    Hipertensión ese… I10 HIPE… I10-I1… Cap.09  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 3 Z00    Examen general e… Z00 EXAM… Z00-Z1… Cap.21  FACTOR… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Descripcion directa (vectorizada) para usar en mutate()
cie_describe(c("E11.0", "I10"))
#> [1] "Diabetes mellitus tipo 2 con coma" "Hipertensión esencial (primaria)"

# Ejemplo en flujo dplyr
# egresos %>% mutate(desc = cie_describe(codigo))

Busqueda fuzzy tolerante a errores

cie_search(“diabetis mellitus”)

Siglas medicas chilenas

cie_search(“IAM”)

``` r
# Comorbilidades (requiere: install.packages("comorbidity"))
df |> cie_comorbid(id = "paciente", code = "diagnostico", map = "charlson")

API CIE-11 (opcional)

Para usar cie11_search() necesitas credenciales gratuitas de la OMS (https://icd.who.int/icdapi). Recomendamos guardarlas con el paquete keyring:

keyring::key_set("ciecl_icd11")  # client_id:client_secret
Sys.setenv(ICD_API_KEY = keyring::key_get("ciecl_icd11"))
cie11_search("diabetes mellitus")

Las funciones de CIE-10 (núcleo del paquete) funcionan sin API key.

Datos

Catálogo oficial CIE-10 MINSAL/DEIS v2018:

Desarrollo

Este paquete fue desarrollado con asistencia de Claude (Anthropic), con verificación y validación humana de todo el código y la documentación.

Contribuir

Licencia

MIT + datos MINSAL de dominio público.

Autor

Rodolfo Tasso Suazo — Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública, Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina, Universidad de Chile.

Agradecimientos

  • Diseño del logotipo del paquete: @fje1.

Enlaces

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública
Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina
Universidad de Chile